RStudio-Server 設定LD_LIBRARY_PATH

今天在裝RStudio-Server上BoomSpikeSlab這個套件的時候
出現了一些問題,這邊記錄一下解決方式

升級gcc

BoomSpikeSlab套件需要gcc 4.9以上的版本
而因為我的作業環境是CentOS 6.8,gcc是4.7版本
後來參考這一篇把gcc 4.9裝了起來
http://www.mk-mode.com/octopress/2014/09/30/installation-newest-gcc-by-src-on-linux-mint/

$ wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.9.1/gcc-4.9.1.tar.gz
$ tar zxvf gcc-4.9.1.tar.gz
$ cd gcc-4.9.1
$ ./contrib/download_prerequisites
$ cd ..
$ mkdir build
$ cd build
$ ../gcc-4.9.1/configure
$ make
$ sudo make install

設定LD_LIBRARY_PATH

在安裝好gcc之後開始安裝BoomSpikeSlab套件
卻出現了如下的錯誤

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.14' not found

後來參考http://chiaki1220jp.hatenablog.jp/entry/2014/02/18/130237
我在原來的/usr/lib64/libstdc++.so.6只有到GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14以後放在/usr/local/lib64下面的so檔案裡面
我需要在設定LD_LIBRARY_PATH設定/usr/local/lib64

一開始我直接在/etc/bashrc下設定LD_LIBRARY_PATH,但是沒有對Rstudio-server生效
參考了http://luoyulong.github.io/blog/2014/12/05/rstudio-server-dot-ld-library-path/
才知道要去設定rstudio的config才行

修改如下

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf
#加入下面這行
rsession-ld-library-path=/usr/local/lib64:#其他需要的libpath

完成

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